《日本93》是一部都市悬疑职场剧。故事以1993年停播的深夜电台为线索，讲述节目制作人宫坂遥在整理旧磁带时，发现一档名为“93频率”的节目里藏着连续失踪案的暗号。她与档案员佐野、出租车司机阿久津、实习生小南组成临时调查小组，通过旧广告歌、听众来信和城市公交线路逐一还原当年录音地点。每集围绕一个旧频率展开，既有职场压力，也有城市变迁下的人情冷暖。宫坂遥用节目重制的方式引出一位沉默多年的听众，佐野从档案编号找到关键时间差，阿久津提供深夜路线，小南负责整理来电录音。最终，众人在旧电台拆除前完成特别直播，让被忽略的声音重新被听见。